El Sistema de Laboratorios de la Sede Medellín está conformado por 144 laboratorios, que atienden diversas áreas del conocimiento, entre las que se cuentan:
Biotecnología, Ciencias Básicas, Ciencia y Tecnologías Agropecuarias, Ciencia y Tecnología de Alimentos, Ciencia y Tecnología de Materiales, Ciencias del Medio Ambiente y el Hábitat, Ciencias Sociales y Humanas, Desarrollo Tecnológico Industrial y Calidad, Energía y Minería, Arquitectura y Arte.
Estos laboratorios, cuentan con una infraestructura física y de equipos, creciente y cambiante con las exigencias del medio y el desarrollo tecnológico, además del conocimiento y la trayectoria de nuestros investigadores, lo cual los constituye en un soporte apropiado para el desarrollo de actividades de docencia, investigación y extensión, para el servicio a la sociedad colombiana.