Actualmente existe una preocupacion generalizada en cuanto al desmedido crecimiento de algas en los cuerpos de agua debido al riesgo que implica su presencia y los efectos negativos sobre los diferentes ecosistemas asociados al recurso. Esta situacion hace evidente la necesidad de entender y caracterizar los mecanismos bajo los cuales se presentan las algas en los cuerpos de agua, su dinamica y los diferentes factores que tienen incidencia en su crecimiento y proliferacion. El incremento en el contenido de nutrientes y la temperatura se consideran dos de los factores mas importantes e influyentes en el crecimiento de algas. Sin embargo, las algas debido a su naturaleza son capaces de adaptarse, sobrevivir y dominar los sistemas acuaticos siendo necesario no solo tener en cuenta las nutritivas y calidas condiciones del agua sino tambien los aspectos dinamicos como factores determinantes de su comportamiento. La dinamica de los procesos biologicos y quimicos, agentes fundamentales en la calidad del agua, depende, entre otros, de los procesos de transporte, y estos a su vez, de la variabilidad espacial y temporal de los agentes forzantes. La accion del viento, los flujos de calor atmosfericos, afluentes y efluentes naturales y antropicos tienen influencia en los procesos fisicos que determinan la dinamica de la estructura termica y la calidad del agua, ya que todos ellos intervienen en el intercambio, transporte y mezcla de nutrientes a traves de la columna de agua. Debido a la complejidad de este tipo de estudios, se han venido desarrollando e implementando diferentes tecnicas y modelos computacionales capaces de reproducir en gran medida los fenomenos que ocurren en los cuerpos de agua. El modelo ELCOM-CAEDYM es uno de ellos. Este modelo se ha empleado en una amplia variedad de investigaciones encontrando que reproduce de forma adecuada los mecanismos que controlan la dinamica de los afluentes y la respuesta del fitoplancton a los forzantes hidraulicos. De esta forma es claro que para realizar un diagnostico completo de la calidad del agua en un cuerpo de agua se requiere de un analisis conjunto entre los mecanismos fisicos presentes en el sistema y la respuesta biologica y quimica de los organismos ante forzantes externos e internos.