Detección y caracterización molecular del viroma de dos frutales andinos (Gulupa y Uchuva) de importancia económica en Antioquia, utilizando secuenciación de nueva generación (NGS) y RT-PCR en tiempo real.

Las enfermedades virales de las plantas son uno de los factores mas limitantes de la produccion agricola en el mundo. Para el caso de los frutales, algunos de los efectos mas evidentes incluyen la disminucion en los rendimientos de los cultivos y de su longevidad, la reduccion en la floracion y el deterioro de las caracteristicas organolepticas de los frutos con la consecuente reduccion de su valor comercial. En las regiones andinas de Colombia se cultivan diferentes frutales con gran potencial para consumo interno, debido a sus excelentes caracteristicas nutritivas (ej. vitaminas, antioxidantes, oligoelementos, etc) y para exportacion, por su condicion de productos exoticos; destacandose la uchuva (Physalis peruviana) y la gulupa (Passiflora edulis f. edulis). Desafortunadamente, dichos cultivos son muy susceptibles a enfermedades de origen viral que ocasionan sindromes devastadores, y que dado el desconocimiento de su etiologia especifica, son inadecuadamente manejadas por parte de los agricultores del pais. En este proyecto se plantea la utilizacion de metodologias moleculares para avanzar en el conocimiento de las caracteristicas biologicas de los virus que afectan dichas plantas en el departamento de Antioquia y para el diseno de pruebas de diagnostico que fortalezcan los programas de mejoramiento genetico, vigilancia cuarentenaria y certificacion de material de siembra. Para esto se emplearan metodos de secuenciacion de nueva generacion (NGS) en asocio con herramientas bioinformaticas que permitan determinar los viromas de RNA asociados a dichos frutales en dos regiones de Antioquia: Suroeste y Oriente. Dichos analisis facilitaran no solo la identificacion de las especies de virus, sino tambien la estimacion de su abundancia relativa, niveles de variacion y afinidad filogenetica con taxa virales conocidos. Las secuencias obtenidas serviran de base para el diseno de primers para su utilizacion en pruebas de diagnostico molecular tipo RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). La ejecucion del proyecto permitira ademas, la realizacion parcial de una tesis de maestria, dos TDG de pregrado y el establecimiento de un semillero de investigacion con tres estudiantes de pregrado.