Insectos plaga como Spodoptera frugiperda (Lepidoptera, Noctuidae), reconocida por ser una plaga polifaga a nivel mundial de los cultivos de maiz (Zea mays), arroz (Oryza sativa), pastos, sorgo (Sorghum spp.), algodon (Gossypium hirsutum), alfalfa (Medicago sativa), cana de azucar (Saccharum officinarum), (Garcia et al. 2002) y por otro lado los trips (Thysanoptera, Tripidae) ), se caracterizan por producir grandes perdidas economicas del cultivo de aguacate (Persea americana) representan organismos que requieren nuevas alternativas para su manejo en campo, ya que, por ejemplo S. frugiperda produce perdidas de hasta el 35% del cultivo de maiz (Torres y Cotes 2005, Velez-Arango et al. 2008) mientras que los trips son considerados plagas cuarentenarias en Estados Unidos (Dreistadt et al. 2007). Ambos insectos son dificiles de controlar en campo, en el caso de S. frugiperda esto en parte se explica dado que esta polilla ha divergido en dos biotipos que son identicos morfologicamente a nivel de larva, y se han diferenciado molecularmente con el uso de varios marcadores mitocondriales y nucleares (Velez-Arango et al. 2008, Cano-Calle et al. 2005). Estos biotipos se denominaron biotipos de maiz y arroz, dado que el biotipo de maiz se encuentra asociado a los cultivos del maiz, algodon, sorgo y cana de azucar y el biotipo de arroz al arroz y pasto en los departamentos de Cordoba, Meta, Valle del Cauca y Tolima (Cano –Calle et al. 2015). Por otro lado, los trips (Thysanoptera, Tripidae) son reconocidos como plagas cuarentenarias debido a que causan deformidad en los frutos, haciendolos inviables para su exportacion (Dreistadt et al. 2004; Rugman-Jones et al. 2006) ademas los trips son vectores de enfermedades de tipo viral como los tospovirs (Burner y Frey 2010). En este trabajo se propone como primer objetivo realizar un estudio de la diversidad microbiana encontrada en el intestino larval de los biotipos de S. frugiperda a partir de larvas de cuarto instar obtenidas de pastos y de maiz del departamento de Antioquia y Tolima. Adicionalmente, en este proyecto tambien se propone identificar la microbiota existente en poblaciones de trips colectadas en cultivos naturales de aguacate del departamento de Antioquia, puesto que se pretende producir aguacates de la variedad Hass en gran escala por lo que debe encontrarse libres de plagas. La microbiota encontrada en ambas plagas sera identificada con el uso de metodos de microbiologia molecular con tecnicas de microbiologia convencional y secuenciacion de nueva generacion. El desarrollo de este estudio involucra un trabajo interdisciplinario de alto nivel de profesionales de areas como la biologia, biologia molecular y microbiologia, que consolidara la cooperacion de Grupos de Investigacion reconocidos por Colciencias de la Universidad Nacional de Colombia Sede Medellin, asi como a la formacion integral de profesionales una tesis de maestria y una tesis de doctorado en Biotecnologia.