Las bacterias magnetotacticas (MTBs) incluyen un conjunto de diferentes microorganismos que biomineralizan compuestos de hierro intracelulares en unos organelos membrañosos llamados magnetosomas. Estos cristales son nanometricos, cristalinos y generalmente tienen pocos defectos, ademas el magnetosoma permite mayor control de la forma del cristal. Las nanoparticulas de las MTBs permiten la modificacion de la superficie para ser aplicadas en el area de medicina, como transportadores de drogas o en biotecnologia en procesos de separacion, entre otros. El cultivo de MTBs es un reto aun, por ello aproximaciones moleculares son ampliamente usadas para obtener valiosa informacion sobre estas bacterias nativas. La presencia y diversidad de MTBs en un estuario del golfo de Morrosquillo fue evaluada por medio de tecnicas de microscopia, moleculares y mineralogicas. El muestreo fue llevado a cabo en la cienaga de la Caimanera y la bahia de Cispata; se aplicaron tres tipos de tratamiento a las muestras (natural, quinato ferrico y quinato ferrico mas vitaminas y minerales). Tras un seguimiento por microscopia optica y una concentracion con campo magnetico de las MTBs, se evaluo la diversidad de estas bacterias implementando electroforesis en gel con gradiente temporal de temperatura (TTGE), secuenciacion Sanger y secuenciacion masiva (NGS) del gen ribosomal ARNr 16S. Las secuencias obtenidas a traves de las bandas secuenciadas del TTGE estaban afiliadas a la clase Alphaproteobacteria y el genero Magnetococcus sp. en concordancia con los resultados de NGS la cual corroboro la abundancia de este genero en la mayoria de muestras, asi como tambien la presencia de otras MTBs de la misma clase Alphaproteobacteria. Se implemento microscopia electronica de transmision (TEM) para caracterizar los nanocristales. Se observaron celulas cocoides que contenian cristales de habito rectangular compuestos por magnetita, asi como inclusiones de fosforo y azufre intracelulares. Esta investigacion provee informacion sobre la diversidad de MTBs cerca al Ecuador en una region particular poco estudiada. Sin embargo, mas estudios son necesarios para conocer mas sobre la diversidad y la estructura de la comunidad de MTBs dada la gran diversidad de ambientes presentes en Colombia.