Esta propuesta trata del desarrollo de una metodologia eficiente para la solucion acoplada de interacciones electrostaticas entre iones en un solvente continuo (ecuacion de Nernst-Planck) y macro-iones discretos. Esta metodologia permitira la simulacion de electrolitos y poli-electrolitos en condiciones de equilibrio y fuera del equilibrio. Multiples situaciones de interes en nano-escala, tales como ADN confinado, aglomeracion de peptidos, tecnicas de separacion por electroforesis y electroosmosis, entre otras podran ser simuladas completamente. La investigacion generalizara la metodologia llamada General Geometry Ewald-like, la cual es una manera eficiente (orden lineal) de calcular interacciones de largo alcance (electrostatica e hidrodinamica) en sistemas no-periodicos fundamentada en el formalismo de funciones de Green. La metodologia se implementara para la simulacion de cadenas polimericas cargadas, ADN, confinadas en nanocanales y sometidas a campos electricos. Este tipo de sistemas son importantes en tecnicas de separacion, analisis y manipulacion de sistemas complejos.