Los metodos de nueva generacion para la secuenciacion de genomas se han convertido en una herramienta indispensable para comprender la estructura genetica de los microorganismos. En Colombia, el nivel de conocimiento que se tiene sobre fitopatogenos de importancia economica en cultivos agricolas es muy limitado, a pesar de que el sector agricola sigue jugando un papel fundamental para el desarrollo economico del pais. Uno de los productos fundamentales para garantizar la seguridad alimentaria de Colombia y un gran generador de empleo rural es el frijol (Phaseolus vulgaris). En esta propuesta se plantea utilizar las herramientas de secuenciacion de nueva generacion (NGS) como base para complementar los estudios de diversidad genetica, deteccion asintomatica y relaciones patogenicas de la roya del frijol Uromyces appendiculatus. Esta propuesta se presenta como un modelo de integracion cientifica de los grupos de Biotecnologia microbiana y vegetal de la sede Medellin, con miras a la solucion de problemas del sector agricola del pais. Finalmente, se plantea establecer una alianza estrategica con el recientemente creado Centro Nacional de Secuenciacion Genomica- CNSG, de la Universidad de Antioquia, para la ejecucion de esta propuesta y el planteamiento de proyectos conjuntos de investigacion.