Los triatominos son conocidos vectores del protozoo Trypañosoma cruzi agente de la enfermedad de Chagas. La reduccion y control de las especies asociadas con la transmision de la enfermedad hace parte del manejo epidemiologico en todas las Americas. La microbiota intestinal de los insectos vectores de enfermedades tropicales tiene un papel importante en la relacion parasito-hospedero ya que puede interferir con la transmision del parasito y la virulencia en humanos. El conocimiento de la composicion bacteriana de acuerdo con las especies de insectos es importante para el diseno de medidas de control biologico del parasito no solo en Colombia si no en los paises donde la enfermedad es endemica. En este estudio se analizaron las comunidades bacterianas asociadas al tracto digestivo de algunas especies de triatominos silvestres y en cautiverio de Colombia, mediante un enfoque microbiologico convencional y molecular (ITS, 16S rDNA, TTGE) bajo condiciones aerobicas. La microbiota del tracto digestivo de algunos triatominos procedentes de Brasil fue determinada y usada para analisis comparativo con las muestras locales. Se encontraron diferencias en la carga bacteriana por especie y procedencia. El conteo de unidades formadoras de colonia (UFC) mostro que para las especies procedentes de colonia, R. prolixus obtuvo el mayor recuento, mientras que para las especies silvestres T. maculata presento una mayor carga con relacion a R. pallescens. Se obtuvo un predominio de bacterias Gram negativas para la mayoria de las especies. El analisis genetico basado en similaridad y formacion de clusters mediante Neighbor-Joining de secuencias parciales del gen 16S permitio determinar la identidad de las bacterias aisladas. El listado generado, revela que la composicion de las comunidades bacterianas de triatominos difiere por especie y procedencia (silvestre o cautiverio). De los triatominos de cautiverio, las cepas pertenecientes a Alcaligenes y Enterococcus se aislaron de R. prolixus; Alcaligenes, Arthrobacter y Exiguobacterium de R. pallecens, Pseudomonas, Bacillus y Staphylococcus de R. colombiensis, Bacillus y Staphylococcus de T. maculata. De los insectos silvestres, Klebsiella, Enterobacter y Mycobacterium se aislaron de T. maculata, mientras que Brevibacillus, Bacillus y Staphylococcus se aislaron de R. colombiensis. De los aislados de las especies de Brasil se identificaron a Moraxella sp. (R. prolixus), y algunos clones aun no cultivables para R. neglectus. . El TGGE confirma un patron de bandeo de bacterias que difiere entre individuos por procedencia y especie, La secuenciacion de bandas revelo que las especies silvestres muestran representantes preferencialmente a la clase Firmicutes (Bacillaceae), con dos cepas diferentes de B. pumillus, siendo B. safensis la especie encontrada en ejemplares de colonia de la misma especie. Se observa que poblaciones de R. pallescens y R. colombiensis de colonia comparten un patron de bandas muy similar, diferente al de R. prolixus. En R. prolixus se identifico preferencialmente a Pantoea sp., mientras que en R. pallescens y R. colombiensis se identifico a Burkholderia sp. La combinacion del analisis cultivo dependiente y cultivo independiente puede describir de manera mas completa las comunidades de bacterias asociadas al intestino de triatominos y relacionarlas con aspectos como habitat y especie. Adicionalmente, la identificacion de bacterias con potencial actividad antitripañosomal se convierte en punto de partida para proponer estrategias de control vectorial para prevenir la transmision de la Enfermedad de Chagas.