La produccion lechera en Colombia es una de las principales actividades agropecuarias participando activamente del producto interno bruto tanto agropecuario como total y generando gran cantidad de empleos directos e indirectos. La eficiencia de los sistemas de produccion lecheros se basa en el volumen de leche producido y la eficiencia reproductiva. La baja eficiencia reproductiva aumenta los costos de produccion y disminuye las utilidades al disminuir la proporcion de vacas que se encuentran en el primer tercio de lactancia y por ende el volumen de leche que se podria obtener. Debido a la baja heredabilidad de las caracteristicas reproductivas no es posible obtener grandes avances al implementar programas clasicos de mejoramiento genetico por lo cual es necesario implementar diversas biotecnologias como la seleccion asistida por marcadores moleculares. El objetivo de esta investigacion es determinar la estructura genetica de una poblacion Holstein de Antioquia a partir de los polimorfismos de los genes de inhibina alfa (INHA) y receptor de la hormona foliculo estimulante (FSHR) y determinar su asociacion con parametros reproductivos de importancia economica como el intervalo entre partos, el numero de servicios por concepcion entre otros. Para esto se analizaran muestras de ADN de 300 vacas de raza Holstein pertenecientes a diferentes unidades de produccion lechera del departamento de Antioquia, la genotipificacion de los animales se hara mediante la tecnica de PCR-RFLP. Las frecuencias alelicas y fenotipicas se evaluaran para determinar si estas se encuentran en equilibrio de Hardy-Weinberg. La diversidad genetica se evaluara comparando la proporcion de los diferentes genotipos dentro de las poblaciones mediante la heterocigosidad observada y la esperada. La estructura genetica se calculara con lo estadisticos F de Wright con los parametros F y Rho. La asociacion de los polimorfismos de los genes INHA y FSHR con los parametros reproductivos se hara utilizando un modelo lineal generalizado. Con este trabajo se espera identificar dos marcadores moleculares que contribuyan al mejoramiento genetico de los parametros reproductivos, con miras a lograr una mayor eficiencia y rentabilidad en las unidades de produccion lechera lo cual beneficiara a las personas involucradas en esta cadena productiva.