Caracterización del viroma de tomate de árbol (Solanum betaceum) en Antioquia mediante secuenciación de nueva generación (NGS).

Las enfermedades virales en plantas son uno de los factores mas limitantes de la produccion agricola. Para el caso de frutales andinos como el tomate de arbol (Solanum betaceum), algunos de los efectos que inducen las virosis incluyen la disminucion en los rendimientos de los cultivos, la reduccion de su longevidad y el detrimento de las caracteristicas cosmeticas y organolepticas de los frutos, con la consiguiente reduccion de su valor comercial. El manejo integrado de enfermedades virales se fundamenta en la realizacion de practicas preventivas como la siembra de material certificado por su sanidad, la deteccion prematura de focos de infeccion, el control de poblaciones de vectores y la realizacion de practicas culturales; todo esto enmarcado en la posibilidad de disponer de germoplasma resistente y de contar con metodos de deteccion asintomatica altamente sensibles, especificos y de rapida ejecucion. Para el desarrollo de dichos metodos de deteccion, es fundamental el conocimiento previo del viroma (Ej. la sumatoria de virus que afectan una especie vegetal bajo determinadas condiciones agroecologicas) y la disponibilidad de herramientas tecnicas y bioinformaticas que permitan disenar pruebas de diagnostico que cumplan con estandares internacionales. Un aspecto que ha impedido un mejor conocimiento de los viromas vegetales en nuestros paises, es la necesidad de disponer de cebadores, sondas y anticuerpos especificos para detectar mediante pruebas moleculares (Ej. RT-PCR, dot-blot) o serologicas (Ej. IMI, ELISA) las variantes virales presentes en las diferentes regiones de cultivo. En este TDG se pretenden identificar los componentes del viroma de plantas de tomate de arbol con sintomas de virosis en Antioquia, como base para el desarrollo de pruebas de deteccion de RT-PCR en tiempo real (qRT-PCR) ajustadas a los genotipos de las variantes predominantes en este hospedante vegetal. Para esto se adelantara la secuenciacion masiva del transcriptoma de un bulk de muestras de tejido foliar de plantas de tomate de arbol procedentes de diferentes localidades de Antioquia, utilizando el sistema Hi-Seq 2000 de illumina y diferentes analisis bioinformaticos tendientes a caracterizar los genomas virales y sus niveles de variacion intraespecifica.