Fusarium oxysporum f sp cubense (Foc), es el agente causal de la enfermedad del mal de Panama o Marchitamiento por Fusarium, considerada como la enfermedad mas destructivas de las musaceas. En el presente estudio, se proceso material vegetal (pseudotallo) enfermo proveniente de Caldas y Antioquia de las cuales se obtuvieron 18 aislados; posteriormente se caracterizaron morfologicamente y se observo en cada uno microconidias, macroconidias y clamidiosporas; estructuras caracteristicas del genero de Fusarium spp. Ademas, se hizo una reactivacion en medios solidos (Jugo V8 y Agar Avena) para estimular la esporulacion de los hongos, lo que permitio conservarlos en papel filtro y glicerol (15% y 75%). Seguidamente se realizo la extraccion de material genetico y a partir de controles positivos (Fol, Foc raza1 y Foc TR4) se estandarizaron las diferentes PCR´s (TEF-1&ñ945;, ITS-FU, FO, SIX1, Foc1/Foc2, FocSIX8, FocTR4 y W2987). Las 18 muestras fueron evaluadas con cada par de primers e identificandolos como Fusarium oxysporum; solo 9 de ellos amplificaron para el gen de patogenicidad. Las secuencias para determinar Foc TR4, mostraron ser especificas al observarse una banda unicamente en el control positivo.