En los ultimos años se han realizado estudios en genetica poblacional y el desarrollo de herramientas moleculares, para especies de peces tanto de agua dulce como marinas. El uso de los diferentes marcadores moleculares ha sido revisado por varios autores donde analizan cada una de las ventajas, limitaciones y potencialidades que presentan. De la diversidad de marcadores moleculares estudiados, los denominados microsatelites, son los mas empleados y generan cada vez mayor interes frente a los estudios a escala microevolutiva. En el presente trabajo se realizo el diseno de marcadores tipo microsatelites por medio de secuenciacion de proxima generacion basada en pirosecuenciacion (GS-FLX 454) de dos especies representativas de ambientes de agua dulce y marinos, Ocyurus chrysurus y Leporinus muyscorum. Para Ocyurus chrysurus especie de gran importancia comercial en San Andres, Providencia y Santa Catalina, se realizo la secuenciacion genomica de un individuo, donde los reads obtenidos no tuvieron una alta calidad, por lo cual no fue posible el desarrollo de la herramienta, ademas del bajo numero de muestras encontradas en los sitios de muestreo. El pez neotropical Leporinus muyscorum (Characiformes, añostomidae), es una especie endemica de las cuencas Magdalena-Cauca y Caribe en Colombia; en este estudio se desarrollo y evaluo un conjunto de primers que permiten la amplificacion de loci microsatelites mediante secuenciacion de proxima generacion (GS-FLX 454) para su uso en estudios de genetica poblacional. De 31 pares de primers evaluados, se obtuvieron 23 polimorficos que mostraron alta heterocigosidad y solo uno mostro desviacion del equilibrio de Hardy-Weinberg. A partir de este set de primers, 17 fueron empleados para el analisis genetico-poblacional en 171 individuos procedentes de la cuenca media y baja del rio Cauca. El numero de alelos/Locus vario de 5 a 22 y la heterocigosidad observada y esperada oscilo entre 0.400 a 0.914 y desde 0.551 a 0.921, respectivamente. Los analisis de estructura poblacional revelaron la coexistencia de tres stocks geneticos (&ñ8710;K=3; &ñ632;pt=0.036) a lo largo de los sitios de muestreo. Esta informacion es crucial para desarrollar futuros estudios geneticos que permitan monitorear cambios en la diversidad y estructura poblacional necesarios para disenar politicas de manejo de esta importante especie. Este proyecto esta enmarcado en el macroproyecto: “Genetica poblacional y valor nutricional del contenido de acidos grasos de Ocyurus chrysurus y Thunnus atlanticus en el Archipielago de San Andres, Providencia y Santa Catalina” Palabras clave: Microsatelites, pirosecuenciacion, añostomidae, pez de agua dulce, genetica de poblaciones